小行星撞击小米和爷爷和他的3个朋友地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃殷世航多高向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防死亡笔记电视剧版二人挺身而出……
